Zweihundert Jahre später wird die schlichte Kirche zu einer spätgotischen dreischiffigen Hallenkirche umgebaut.
Chor und Turm der ersten Kirche bleiben erhalten. Der Turm versteckt sich unter einem riesigen Dach, das um den helmlosen Turm herumgebaut wurde.In der St.-Nicolai-Kirche können Sie beeindruckende Kunstwerke entdecken,
mit denen die Kirche nach der Reformation im 16. Jh. neu ausgestattet wurde.
Die Taufe von 1588 ist ein Bronzeguss des Flensburger Glockengießers
Michel Dibler und beeindruckt durch seine Glockenform.
Auf dem Taufkessel sind sechs Szenen der Leidensgeschichte Jesu Christi dargestellt: Gethsemane - Gefangennahme und Judaskuss - Jesus vor Kaiphas - Ecce homo - Geißelung - Kreuzigung.
Die Kanzel aus dem Jahre 1605 befindet sich leider nicht mehr in ihrem ursprünglichen Zustand. Sie wurde bei der Sturmflut von 1872 erheblich zerstört. Original erhalten sind die Schnitzbilder biblischen Inhalts von Hans Gudewerdt dem Älteren, dem Vater des Altarmeisters.


Westlich beherrscht der große Orgelprospekt den Kirchenraum. Die Orgel wurde 1762 von dem Orgelbaumeister Hans Georg Heßler in Eckernförde geschaffen. Das Werk wurde 1930 vergrößert, verschiedentlich repariert und erneuert. Es verfügt jetzt über 37 Re- gister mit ca. 2 500 Pfeifen und ist als echte Barockorgel zu bezeichnen.
An der Westwand des südlichen Seitenschiffes befindet sich ein riesiges Ölgemälde, das "Sintflutbild" von 1632, ein Dokument der Eckernförder Stadtgeschichte. Es erinnert an schlimme Ereignisse in der Stadt während des Dreißigjährigen Krieges: Hochwasser, Plünderung durch Soldaten, Pest. Die Inschrift mahnt zu Buße und Besinnung. Der Maler ist unbekannt, die dargestellte Stadt leider nicht das damalige Eckernförde.
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